Древний лекарь в современном городе

Сюжет разворачивается в Гэнсокё — изолированной территории, скрытой магическим барьером от внешнего мира. Это пространство населено ёкаями, необычными животными и редкими людьми. Центром пересечения измерений служит святилище Хакурэй, где живёт Рэйму — девушка, отвечающая за поддержание равновесия и спокойствия. В её обязанности входит расследование любых аномалий: вспышек неестественной активности, необычных погодных явлений, миража, снов, шумов и исчезновений. Вместе с подругами Рэйму находит причины нарушений и восстанавливает нарушенный баланс.

В один из летних дней она замечает изменения, нетипичные даже для этого необычного мира. Местность начинает пульсировать странной энергией, а растения приобретают нехарактерные оттенки. Некоторые существа теряют память — забывают имена, происхождение и желания, превращаясь в отражения собственных стремлений. Солнце задерживается в небе слишком долго, не заходя ни на мгновение, а тени начинают жить собственной жизнью. На горизонте появляются фигуры, которые невозможно описать — они будто пришли из других воспоминаний. Рэйму предстоит выяснить причину этих аномалий и устранить их.