Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от Медаки Куроками и студенческого совета Академия Хаконива временно вернулась к обычному режиму. Это спокойствие нарушается, когда Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой. В академии начинают происходить странные события, связанные с директором школы, который скрывает свои истинные намерения. Он запускает «План Флакона» - проект, основанный на манипуляциях и тирании, способный поглотить всё вокруг.

Основная опасность исходит от группы новых студентов под названием «Партия тринадцати». Эти сверхспособные молодые люди, возглавляемые харизматичным Удо Мияконодзе, стремятся захватить власть и разрушить порядок, восстановленный после предыдущей битвы. Удо обладает мощной силой и коварными замыслами, что делает его серьёзной угрозой для студенческого совета. Ситуация осложняется возвращением старого врага, который был побеждён ранее, но теперь вернулся, чтобы завершить начатое.